Résumé :

Les grands organismes de recherche publique français ont lancé un plan de défense de l’intégrité scientifique, suite au rapport Corvol remis en juin 2016 au Secrétaire d’Etat en charge de la recherche. Cette initiative est louable et nécessaire, car de nombreux scientifiques dénoncent des dérives croissantes dans la qualité et l’intégrité des publications scientifiques. Toutefois, ce travail risque de manquer une partie de sa cible, et de se prêter à des détournements militants, à cause de deux imprécisions majeures du rapport Corvol :

Un paragraphe très ambigu sur les conflits d’intérêt
Une définition trop restrictive des manquements à l’intégrité scientifique, qui ne prend pas en compte la conception de protocoles expérimentaux biaisés pour favoriser les hypothèses des auteurs.

Si ces ambiguïtés du rapport Corvol ne sont pas éclaircies au moment de sa mise en application, il est à craindre que ce travail sur l’intégrité scientifique manque donc une grande partie de sa cible : beaucoup des publications que nous avons analysées dans ForumPhyto ne présentent aucun manquement à l’intégrité scientifique au sens du rapport Corvol, malgré leur partialité évidente. Par ailleurs, même si ce n’est sans doute pas l’intention initiale, il semble donner raison aux militants cherchant à discréditer systématiquement les travaux de recherche partenariale avec des industriels, selon une interprétation biaisée des conflits d’intérêt.

Dans son état actuel, la mise en œuvre du rapport Corvol risque de se limiter à la définition d’une forme édulcorée des Bonnes Pratiques de Laboratoire, déjà exigées des entreprises privées œuvrant pour des travaux d’expertise. Il ne faudrait pas qu’il passe à côté de son enjeu les plus important, la définition de bonnes pratiques pour la conception de protocoles expérimentaux impartiaux.

L’intégrité scientifique : un sujet brûlant

Nous avons étudié plusieurs fois ces dernières semaines des publications dénonçant l’effet, réel ou supposé, des conflits d’intérêt sur l’intégrité des travaux scientifiques. Cette offensive n’est probablement pas l’effet du hasard, car la défense de l’intégrité scientifique est justement un sujet « chaud » en ce moment : un rapport sur ce sujet avait été commandé par le Secrétaire d’Etat en charge de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur, T. Mandon. Rédigé par P. Corvol, administrateur honoraire du Collège de France et vice-président de l’Académie des sciences, ce rapport a été remis en juin 2016[1], et la mise en œuvre de ses premières recommandations a été annoncée en décembre[2].

L’importance de ce sujet déborde largement la question des conflits d’intérêt. De nombreuses voix, y compris parmi les chercheurs, dénoncent depuis longtemps des dérives de la recherche, sensibles en particulier au niveau de la qualité des publications[3]. Un article paru dans « Pour la Science » en décembre 2016[4] montre clairement l’ampleur du problème :

Fig 1. Evolution du nombre de publications scientifiques annuelles dans le domaine du biomédical, et du nombre de publications rétractées suite à la découverte d’une fraude ou d’une erreur (Klein et Yzerbit 2016)

On voit qu’en 40 ans, le nombre de publications a pratiquement été multiplié par 5, ce qui est déjà considérable. Mais aussi que le nombre de publications entachées de fraude ou d’erreurs graves a véritablement explosé.

En plus de ces cas de publications clairement délictueuses, d’autres scientifiques alertent également sur la prolifération de publications scientifiques sans intérêt réel, ou présentant des conclusions hasardeuses sur le plan statistique… et jamais confirmées par la suite[5].

Les causes de ce phénomène sont multiples, mais résultent essentiellement de l’effet de la concurrence croissante entre les chercheurs eux-mêmes, ainsi qu’entre les revues scientifiques :

Effets pervers de l’évaluation des chercheurs par les publications, qui les incite à en multiplier inutilement le nombre, et à publier trop tôt des résultats insuffisamment validés
Prolifération des revues scientifiques, certaines se montrant peu exigeantes sur le niveau de qualité, en particulier pour les sujets potentiellement médiatiques

Dans le même temps, la recherche publique a connu une autre évolution significative : le développement de la recherche partenariale, en collaboration avec la recherche privée. Cette évolution a été particulièrement marquée en France, qui avait une faible tradition dans ce domaine jusqu’aux années 2000 :

Fig 2 : évolution de la recherche partenariale en France dans les Instituts Carnot (les principaux instituts de recherche publique acteurs de la recherche partenariale), comparés à leurs équivalents allemands, les Instituts Fraunhofer (source : ANRT/Futuris[6]).

Ce développement de la recherche partenariale, qui représente désormais environ 30% des budgets des organismes de recherche publics français, suscite des questions légitimes, quant à l’influence qu’il pourrait avoir sur l’orientation de leurs travaux. Les entreprises privées ont des contraintes économiques qui peuvent les inciter à privilégier des thèmes de recherche applicables à court terme, au détriment de la recherche fondamentale, et elles peuvent être tentées d’ignorer ou de minimiser les résultats défavorables à leurs produits. C’est pourquoi les publications scientifiques portant sur des travaux financés partiellement ou totalement par un acteur privé doivent comporter une déclaration de conflit d’intérêt, indiquant l’origine des financements privés reçus, ou les liens financiers des auteurs avec des entreprises privées travaillant dans le domaine concerné. Cette information est nécessaire pour que les lecteurs de la publication soient informés de ce qui pourrait orienter la conception de l’étude ou l’interprétation des résultats, mais elle ne préjuge en rien de la qualité du travail réalisé.

Cette notion de conflit d’intérêt doit donc être précisée, car elle n’a pas le même sens dans le domaine scientifique que dans le domaine politique ou judiciaire. Dans la fonction publique, certaines fonctions sont incompatibles avec des intérêts privés, pour des raisons évidentes : on comprend bien qu’il ne soit pas possible de confier des décisions concernant l’urbanisme, à un fonctionnaire ayant par ailleurs des intérêts chez un promoteur immobilier ! Il y a donc certaines incompatibilités, dûment répertoriées, entre conflits d’intérêt et certains types de postes dans la fonction publique ou les professions juridiques[7]. Dans le domaine scientifique, il en est de même pour les fonctions d’expertise dans les agences publiques décisionnaires d’évaluation (projets scientifiques, produits de santé, environnement,…). Par contre, ce n’est pas du tout le cas pour les contributions à la presse scientifique. En effet, leur méthodologie permet normalement de s’assurer que les travaux publiés sont réalisés de façon transparente et avec objectivité. Il est considéré comme normal, et même souhaitable, que les entreprises privées participent à des publications scientifiques, que ce soit par des travaux propres réalisés par leurs chercheurs, ou en finançant des travaux réalisés totalement ou partiellement par la recherche publique. La seule obligation dans ce cas est alors une obligation d’information : comme nous l’avons vu, ces financements privés doivent être mentionnés dans la déclaration de conflit d’intérêt de la publication. Cette condition étant remplie, les travaux issus de la recherche privée passent exactement par les mêmes procédures de contrôle par les pairs qu’une publication « purement publique », procédures qui sont censées garantir l’intégrité scientifique de la publication.

Dans le cas de la presse scientifique, la déclaration de conflit d’intérêt est donc une simple information destinée aux lecteurs, qui ne remet pas en cause la validité de la publication. Le conflit d’intérêt POURRAIT inciter à des manquements à l’intégrité, mais n’en constitue pas un en lui-même. Ce ne devrait donc pas être un sujet pour l’évaluation de l’intégrité scientifique d’une publication…sauf bien entendu si un des auteurs a omis de signaler un conflit d’intérêt.

Le rapport Corvol : une formulation ambiguë…

Et c’est là que le rapport Corvol nous réserve une surprise. Il répertorie (page 11) les différents types de manquement à l’intégrité scientifique, et en distingue 4 catégories. Trois d’entre elles sont parfaitement logiques :

Les cas de Fraude, Falsification des résultats et Plagiats (FFP), c’est-à-dire les différentes situations où une publication contient des informations clairement et intentionnellement mensongères, qu’il s’agisse des résultats eux-mêmes ou de leur paternité.
Les « Pratiques questionnables de recherche » (PQR) : cette catégorie forcément un peu floue répertorie tous les cas « en zone grise », de publications dont l’interprétation est biaisée par des informations incomplètes, des méthodes statistiques inadaptées, ou dont la véracité n’est pas vérifiable suite à une mauvaise conservation des données produites. Il s’agit en quelque sorte de « mensonges par omission », plus que de véritables falsifications.
Les mauvaises pratiques relatives à la signature des publications : omission d’un auteur, ajout abusif d’un auteur n’ayant pas contribué au travail décrit.

Mais la quatrième catégorie est pour le moins étrange, puisque le rapport Corvol réserve un paragraphe spécifique au conflit d’intérêt (sans autre précision), qu’il semble donc classer comme un manquement à l’intégrité scientifique en soi ! A vrai dire son opinion sur le sujet est bien difficile à comprendre, puisque dans ce paragraphe le rapport énonce seulement « Un conflit d’intérêt peut se produire essentiellement lors de deux circonstances : l’évaluation d’une demande de contrat ou la revue d’un article soumis pour publication. La déclaration systématique des liens d’intérêt est devenue de plus en plus fréquente et est souvent exigée ». Il définit donc les contextes où ce manquement à l’intégrité scientifique peut se produire, mais ne définit pas de quel manquement il parle. Pour les scientifiques, il parait évident que seule l’omission de déclaration de conflit d’intérêt est un manquement à l’intégrité scientifique, et c’est probablement dans ce sens que l’entendait P. Corvol. Il est possible aussi que cette phrase vise à rappeler qu’il serait souhaitable également de déclarer les conflits d’intérêt concernant les reviewers des revues scientifiques. Mais la formulation n’est pas claire. Et, prise à la lettre, elle pourrait laisser croire que le simple fait de publier des résultats favorables à des intérêts industriels est en soi un manquement à l’intégrité scientifique, si un des auteurs est en situation de conflit d’intérêt. Cette interprétation est évidemment absurde, puisqu’elle frapperait de nullité toute publication de recherche partenariale, qui ne donnerait pas des résultats contraires aux intérêts de l’entreprise qui y est engagée ! Malheureusement, cette absurdité ne saute pas aux yeux du grand public. Or, dans le contexte médiatique actuel, la dénonciation de conflits d’intérêt, réels ou supposés, est devenue le fonds de commerce de certains journalistes. Il est donc malheureux que ce rapport ait laissé passer un paragraphe aussi ambigu. Tiré de son contexte, il pourrait facilement être exploité pour légitimer les dérives complotistes des dénonciateurs, qui voient du lobbyisme scientifique partout. Il serait donc très souhaitable que les futurs textes d’application du rapport Corvol expriment de façon bien plus claire leur définition des manquements à l’intégrité relatifs aux conflits d’intérêt.

Cette clarification est d’autant plus nécessaire que les dérives sur la chasse au conflit d’intérêt ne concernent plus seulement les journalistes. Certains scientifiques commencent à s’y adonner, et c’est d’autant plus préoccupant que les activistes les plus bruyants dans ce domaine sont souvent eux-mêmes des orfèvres des PQR (Pratiques Questionnables de Recherche), dénoncées par ailleurs dans le rapport Corvol[8]. Il est donc à craindre que la dénonciation des conflits d’intérêt serve pour certains de contre-feu pour détourner l’attention de leurs propres pratiques, elles-mêmes loin d’être au-dessus de tout soupçon !

… et une grosse lacune

Par ailleurs, le rapport Corvol présente une lacune surprenante dans sa définition des manquements à l’intégrité : dans la catégorie des PQR (Pratiques Questionnables de Recherche), il ne mentionne explicitement que les manquements relatifs à la présentation des données exploitées ou des résultats obtenus, et aux traitements statistiques utilisés. Il ne s’agit donc que de manquements concernant le traitement des résultats, et non la construction de l’expérimentation. Or la conception d’un protocole expérimental partial, qui ne permet pas de tester les hypothèses alternatives à celle des auteurs, est une méthode tout aussi efficace (et bien moins risquée) que la falsification de données, pour orienter les résultats obtenus, et donner l’impression à un public non averti que l’hypothèse des auteurs est bien démontrée.

Dans un article précédent[9], nous avions imaginé le cas d’un astrologue qui voudrait absolument démontrer qu’il y a un lien entre signe astrologique et risque de cancer… et nous avions vu qu’un protocole expérimental ad hoc permettait d’obtenir à coup sûr, et sans aucun trucage, des résultats apparemment significatifs dans ce sens ! Certes, cet exemple était volontairement caricatural, et une étude de ce type aurait peu de chances d’être publiée. Mais nous avons vu que le filtre des comités des lectures est loin d’être infaillible. Et, si par hasard notre astrologue trouvait une revue assez conciliante pour accepter son travail, son article ne recèlerait aucun manquement à l’intégrité répertorié par le rapport Corvol !

Il s’agit là d’un exemple théorique, mais nous avons souvent observé dans ForumPhyto des exemples de publications militantes aux méthodes partiales. Ironiquement, le plus bel exemple récent est un travail qui prétend justement démontrer des effets pernicieux des conflits d’intérêt. Dans cet article sur l’évaluation des maïs OGM[10], la synthèse bibliographique présentée a été conçue de façon à attribuer faussement aux conflits d’intérêt un effet dû aux différences de thèmes d’expérimentation, entre la recherche publique et la recherche privée. La manipulation repose uniquement sur la façon dont les auteurs ont simplifié abusivement la question posée, et regroupé des résultats non comparables. Comme notre étude astrologique, cette publication ne recèle aucun manquement à l’intégrité, au sens du rapport Corvol : à partir du moment où l’on accepte la méthode biaisée choisie par les auteurs, il n’y a aucune erreur factuelle à reprocher aux résultats présentés. De même, l’étude précédente des mêmes auteurs, sur le coût caché des pesticides, induisait les lecteurs en erreur de par sa conception même : elle prétendait faire un bilan économique global des pesticides, alors qu’elle omettait certains de leurs bénéfices indirects évidents, comme leur effet sur la baisse des prix alimentaires[11].

Une conception trop optimiste de l’intégrité scientifique ?

Parmi les facteurs expliquant la non-détection de fraudes scientifiques, Klein et Yzerbit mentionnent le biais de confiance : la plupart des chercheurs sont honnêtes, et ont donc tendance à s’imaginer que c’est le cas de tous leurs confrères. Ils seraient donc moins vigilants et moins critiques en lisant les publications de leurs collègues, qu’ils ne le sont en lisant des articles journalistiques, ou en écoutant un discours politique. D’une certaine façon, il semble que le rapport Corvol soit un peu frappé de ce biais de confiance. A bien regarder les PQR qu’il liste, il envisage seulement les cas où des chercheurs ont essayé après coup d’embellir des résultats expérimentaux non conformes à leurs attentes, pour les rapprocher de la théorie qu’ils voulaient démontrer. Il n’imagine même pas des cas prémédités, où le protocole de travail aurait été conçu d’emblée pour favoriser la thèse défendue par les auteurs. Il est à craindre que les auteurs de ce rapport n’aient pas totalement pris la mesure du développement des exploitations militantes de la science, particulièrement sensible dans les domaines touchant à l’environnement.

Ce biais de confiance a un autre effet indésirable : il joue surtout entre pairs de la recherche publique… et ne s’étend guère à leurs confrères de la recherche privée. Beaucoup d’acteurs de la recherche académique, et l’immense majorité des journalistes, partagent une conception très rousseauiste de la science : pour eux, le chercheur nait pur, seul le contact avec l’industrie le corrompt. L’étude de Bourguet, Lombaert et Guillemaud sur les maïs Bt jouait entièrement sur ce préjugé. Il leur a suffi de produire quelques chiffres prétendant montrer que les travaux intégrant des semenciers avaient en moyenne des résultats plus favorables que ceux de la recherche publique, pour des raisons pourtant facilement compréhensibles : tout le monde a compris que les résultats « justes » étaient ceux de la recherche publique, et que les semenciers truquaient leurs résultats. On craint de retrouver un écho de ce présupposé, dans l’étrange lapsus du rapport Corvol sur les conflits d’intérêt.

Attention à ne pas se tromper de cible !

La défense de l’intégrité scientifique est un enjeu important, et il faut en prendre toute la mesure. Le réduire à la lutte contre la manipulation de données et les conflits d’intérêt serait passer à côté de la dimension systémique du problème. Et surtout, cela conduirait à négliger le versant le plus nouveau, et le plus spécifique à la recherche publique, des mesures à prendre. Nous avons vu que le rapport Corvol mentionne surtout les manquements liés au traitement et à la mise à disposition des données expérimentales. Or, pour assurer la traçabilité du travail expérimental, et l’intégrité du traitement des données, les recettes sont déjà connues : pour l’essentiel, il s’agit des Bonnes Pratiques de Laboratoire, dont le respect fait l’objet d’un agrément déjà exigé des entreprises privées fournissant des données pour l’expertise et l’évaluation scientifique. Certes, les BPL seraient difficilement applicables telles quelles à l’ensemble des laboratoires de recherche publique, et devront être adaptées. Mais au moins, sur ce sujet, on peut s’appuyer sur l’expérience de règles déjà bien connues, et expérimentées depuis longtemps par les laboratoires privés.

Par contre, le rapport Corvol émet peu d’alertes sur l’évaluation de l’intégrité et de l’impartialité des protocoles expérimentaux. C’est pourtant un sujet tout aussi important, et c’est le plus spécifique à la recherche académique qui fait l’objet du rapport (par opposition aux travaux de laboratoire à fin règlementaire). En effet, les expérimentations à but réglementaire (par exemple pour l’homologation des médicaments, des produits phytosanitaires, ou des OGM) sont réalisées sur des protocoles standardisés, définis par les autorités d’homologation. Le contrôle de la pertinence de ces protocoles ne fait donc pas partie des sujets traités par la définition des BPL. A l’inverse, les chercheurs travaillent sur des méthodes qui leur sont propres. La définition du protocole expérimental qu’ils vont employer est même la première étape de leur travail. Définir des règles pour évaluer la pertinence des méthodes employées, l’impartialité du protocole expérimental et sa capacité à confronter l’hypothèse des auteurs aux thèses alternatives, est donc un défi plus nouveau. Il suffit de voir la confusion qui règne autour du cas de chercheurs « atypiques » comme G-E Séralini. Bien que la grande majorité des scientifiques soit plus que sceptique par rapport à ses méthodes de travail, aucune autorité scientifique n’est capable de définir clairement à quelles règles devrait répondre un protocole expérimental… et donc de dire si ses expérimentations sont conformes aux règles de l’intégrité scientifique.

Il faut donc espérer que les textes d’application du rapport Corvol s’attacheront à définir de matière plus précise :

Les bonnes pratiques en matière de conception des dispositifs expérimentaux (et non seulement du traitement et de l’accessibilité des données)
Les limites des manquements à l’intégrité scientifique relatifs aux conflits d’intérêt

A défaut, ils risqueraient non seulement de manquer une partie de leur cible, les publications à vocation militante, mais aussi de leur donner des arguments en entretenant une suspicion de principe vis-à-vis de la recherche partenariale.

Philippe STOOP

[1] http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid104249/remise-du-rapport-de-pierre-corvol-bilan-et-propositions-de-mise-en-oeuvre-de-la-charte-nationale-d-integrite-scientifique.html

[2] http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid110990/mise-en-oeuvre-du-rapport-de-pierre-corvol-sur-l-integrite-scientifique.html

[3] http://www.pseudo-sciences.org/spip.php?article2741

[4] O. Klein et V. Yzerbit : « La fraude scientifique, un symptôme du fonctionnement de la science », Pour la Science, n° décembre 2016, p. 36-42

[5] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1182327/ et http://journals.plos.org/plosmedicine/article?id=10.1371/journal.pmed.1001747

[6] http://www.anrt.asso.fr/fr/futuris/pdf/note-rcrp.pdf

[7] LE CONFLIT D’INTÉRÊT DANS LE DOMAINE PUBLIC : http://www.justice.gouv.fr/art_pix/scpc2004-1.pdf

[8] http://www.forumphyto.fr/2016/12/05/perturbateurs-endocriniens-ou-sont-les-marchands-de-doute/ et

http://www.forumphyto.fr/2017/01/20/mais-bt-et-conflits-dinteret-de-la-science-a-la-propagande/

[9] http://www.forumphyto.fr/2016/04/01/la-peche-aux-alphas-non-ce-nest-pas-un-poisson-davril/

[10] http://www.forumphyto.fr/wp-content/uploads/2017/01/1701PassePasseBG.pdf